『ダンガンロンパ 希望の学園と絶望の高校生』の続編。主人公の日向創は、希望ヶ峰学園に入学したばかりの「究極」の生徒です。初日、ハジメとクラスメイト全員は、擬人化されたウサギの先生、宇佐美に連れられて、謎のジャバウォック島への校外学習に行きます。宇佐美は、この島では生徒たちが一緒に楽しく過ごし、友達になって希望のカケラを集めるのだと説明します。宇佐美の校外学習は、モノクマが現れて新たな殺人ゲームを始めることで計画通りには進みません。島を出たい者は殺人を犯し、罰を受けずに済まなければなりません。殺人が成功した場合、島を出ることが許されますが、他の全員は殺されます。殺人事件が発生すると、プレイヤーは調査を行います。調査の後、犯人を決める裁判が始まります。