『ダンガンロンパ 希望の学園と絶望の高校生』の続編。主人公の日向創は、希望ヶ峰学園に入学したばかりの「究極」の生徒。初日、創とクラスメイト全員は、擬人化されたウサギの先生、宇佐美に連れられて、謎のジャバウォック島への校外学習に出発する。宇佐美は、この島では生徒たちが一緒に楽しく過ごし、友達になって希望のカケラを集めるのだと説明する。しかし、モノクマが現れ、新たな殺人ゲームが始まると、宇佐美の校外学習は計画通りには進まない。島を出たい者は殺人を犯し、罰を受けずに済まなければならない。殺人が成功した場合、犯人は島を出ることができ、他の全員が殺される。殺人事件が発生すると、プレイヤーは捜査を行う。捜査後、犯人を決める裁判が始まる。