人生は必ずしも思い通りにはいかない。主人公であるあなたは、人工島・辰巳ポート島の中心に位置する月光館高校に転校する。ところが、恐ろしい怪物が寮を襲撃する。 混沌の中、あなたはペルソナに目覚める。ペルソナは、敵に対抗するための強力な力だ。 この力を共有する仲間たちによって、あなたは特殊課外処刑部隊（S.E.E.S.）に勧誘される。そして、事件の背後にある謎を解き明かす旅が始まる…。