ストーリーモードでエージェント3と共に、邪悪なオクタリアン軍と戦いましょう。ファジー・ウーズの秘密、オルタナの秘密、そしてそれがストーリーモードのテーマ「哺乳類の帰還」とどのように繋がっているのかを解き明かしましょう。