ドンキーコング島は、穏やかな晴天に恵まれた一日だった。ファンキーコングがサーフィンをしていたが、ボードから落ちてしまう。彼はドンキーコングに同行を誘うが、ドンキーコングはただのんびりと過ごしている。クランキーコングはドンキーコングに近づき、「休みなく乙女をさらい、樽を投げつけている」と愚痴をこぼすが、ドンキーコングはそれを無視し、自分が英雄であり、キング・クルールは永遠に消え去ったと確信する。クランキーはすぐに島を去る。 一方、上空では、キャプテン・クルールが愛船フライング・クロック号に乗り込み、手下たちに島を襲撃してドンキーを捕らえるよう命じる。そうすれば、ドンキーが再びバナナの山を盗もうとする試みが失敗に終わり、二度と計画を台無しにすることがなくなるからだ。まだのんびりと過ごしていたドンキーは、カトラスに襲われて捕らえられるまで、この攻撃に気づかなかった。キャプテン・クルールはドンキーコングに、二度と大切な島にも仲間にも会えないと断言する。 その後、島に戻ったディディー、ディクシー、クランキーコングは、ドンキーの行方不明とメモを見つける。メモにはこう書かれていた。 ハッ！大きな猿を捕まえたぞ！奴ら、壊血病の犬どもめ、ドンキーを取り戻したければ、バナナの山を渡せ！ キャプテン・K・ルール その時、リンクリー、ファンキー、スワンキーコングが現場に駆けつける。クランキーは山を手放すよう提案するが、ディディーは、前回苦労してバナナを取り戻したドンキーコングが、バナナを失くしたら激怒するだろうと反論する。ディディーとディクシーコングは、ソードフィッシュのエンガードに乗ってクロコダイル島へ行き、冒険に出発する。