リーネ広場で開かれたグアルディアの千年祭のお祭り騒ぎの中で、若き主人公クロノはマールという少女と偶然出会う。一緒にお祭りを探検しようと決めた二人は、すぐにクロノの長年の友人ルッカの最新の発明品、テレポッドの展示会にたどり着く。恐れを知らず好奇心旺盛なマールは、デモンストレーションの手伝いを申し出る。しかし、予期せぬ故障で、彼女は次元の裂け目に飛ばされてしまう。少女のペンダントを掴んだクロノは勇敢に後を追う。しかし、彼が現れた世界は4世紀前の世界だった。忘れ去られた過去、遠い未来、そして時の終わりへの旅。惑星の未来を救う壮大な冒険が、再び歴史に名を刻む。