Journeyの物語は、ゲーム内カットシーンとプリレンダリングカットシーンを通して、言葉なく語られます。プレイヤーキャラクターは、果てしなく続く砂漠の砂丘から物語が始まります。遥か彼方には、巨大な不気味な山がそびえ立ち、頂上には輝く裂け目が刻まれています。キャラクターが山に近づくにつれ、かつて栄えた文明の遺跡が、長い年月をかけて砂に浸食されて姿を現します。各エリアの端にある遺跡には、旅人が休むための石が点在しています。これらの石は、旅人に円形の部屋で白いローブを着た大きな人物と出会うような幻想を与えます。壁には文明の興亡を描いた絵画が描かれており、プレイヤーの旅を映し出しています。 プレイヤーは、かつて山の麓に広がる都市の遺跡へと深く旅を続け、ついに無事に山に辿り着きます。旅人は山を登り始めますが、寒冷な気候に入り、深い雪と強風に遭遇し、苦闘しながらも進んでいきます。裂け目まではまだかなり距離があるが、旅人は雪の中に落ちて崩れ落ちる。白いローブを着た6人の人物が現れ、旅人に新たなエネルギーを与え、プレイヤーは山頂に到達して裂け目に入って通り抜けることができ、画面が白で満たされる。その後、プレイヤーにはゲームのクレジットが表示され、エンディングシネマティックに重ねて再生される。このシネマティックでは、裂け目から流れ星が出て、旅人が遺跡を通って通った道を横切り、山に向かっている他のローブを着た旅人たちがちらりと見える。最終的に、流れ星はゲームが始まった砂丘に止まり、プレイヤーはゲームをもう一度始めるかどうかを選択できる。クレジットが終了すると、トレッキングの一部を共にした他の旅人たちのPlayStation Network IDがプレイヤーに表示される。