ファイナルファンタジーIIは、フリオニール、マリア、ガイ、レオンがパラミシアの黒騎士の兵士に襲われ、瀕死の状態になるところから始まる。フリオニール、マリア、ガイは、皇帝がフィン王国を侵略した後、アルタイルの町に反乱軍の基地を築いたヒルダ姫に救出される。ヒルダは、彼らが若すぎて経験が不足しているという理由で、反乱軍への参加要請を拒否する。3人はレオンを探すためフィンへ出発し、そこでヒルダの婚約者であるカシオンの瀕死のスコット王子に出会う。スコット王子は、カシオンの元貴族であるボーゲンが反乱軍を裏切り、帝国軍の将軍になったことを告げる。一行はアルタイルに戻り、ヒルダに報告する。ヒルダは一行が反乱軍に参加することを許可し、強力な武器を作るのに使用できる金属であるミスリルを探すため北へ旅するように頼む。一行は北へ進み、サラマンドの村へと向かい、近くの鉱山で強制労働させられている村人たちを救い、ボーゲンを倒し、ミスリルを回収する。 次の任務として、一行はバフスク市へ派遣され、ドレッドノートと呼ばれる大型飛行船の建造を阻止する。しかし、到着と同時にドレッドノートは離陸してしまう。ドレッドノートを爆破できる兵器「サンファイア」を回収した後、一行はヒルダを乗せた飛行船がドレッドノートに拿捕されるのをなす術もなく見守る。ドレッドノートが物資補給のために着陸すると、一行はヒルダを救出し、「サンファイア」を飛行船のエンジンに投げ込む。爆発から逃れる直前、一行は暗黒騎士に遭遇する。マリアは彼がレオンだと見覚えがあると思う。