西暦2222年。謎の雨「新月の涙」が降り注ぎ、人類のほぼ全滅から数年。毒の雨は、人を喰らう異形の怪物を生み出し、人類は危機から逃れようとした。生き延びる術として、人類は地下都市アマシアを建設する。このディストピア都市で、生存の糸口を探る人類は、ある時、人工知能「メイガス」と出会う。二人の関係がどうなるのか分からず、人類とAIが出会い、それぞれの真実を探り合う物語が始まる。