ロックマン エグゼ 4は、「レッドサン」と「ブルームーン」の2つのバージョンで登場。それぞれ異なる敵、バトルチップ、ソウル、キャラクターが登場します。プレイヤーは再びランとなり、友人のロックマン.exeと共に、インターネットからウイルスやサイバーワールドの敵を一掃するために戦います。シリーズ過去作とは異なり、「ロックマン エグゼ 4」ではトーナメント方式を採用し、プレイヤーは様々な敵と対峙し、それらを倒していくことになります。新システム「ソウルユニゾン」により、ロックマンは倒した敵に変身することができます。