古代日本を舞台に、新たな主人公・柳生十兵衛を中心に物語が展開します。彼は復讐の旅に出て、柳生一族を滅ぼした邪悪な武将、織田信長率いる鬼軍団と戦います。旅の途中で、十兵衛は自らが鬼の血筋であることを知り、鬼を倒す力を得るとともに、同じく信長を倒そうとする新たな仲間たちと出会います。