ストーリーモードはオーバーワールドマップ上で展開され、プレイヤーは様々な場所へと移動します。複数のワールドが存在し、各ワールドは複数のチャプターにまたがることもあります。旅は、鈴蘭、S.S.テトラ、プリンプタウン、星座圏、二つの世界の果て、そしてグリンプへと続きます。メインミッションに加え、ほとんどのチャプターにはサイドストーリーが用意されており、そのチャプターのメインミッションをすべてクリアすることでプレイできます。また、オプションミッションはワールドマップ上でアクセス可能になった際にプレイできます。