『ゼルダの伝説 時のオカリナ』の出来事の後、リンクは愛馬エポナに乗って迷いの森を出発するが、妖精タエルとタトルに付き従う謎の仮面を被ったスカルキッドという名の小鬼に襲われる。スカルキッドはリンクをデク・スクラブと呼ばれる小さな植物のような生き物に変え、馬と魔法のオカリナを奪い去る。その後まもなくタトルがリンクに加わり、元の姿に戻るのを手伝うことに同意する。放浪の仮面売りとの出会いで、スカルキッドがムジュラの仮面を被っていることが明らかになる。ムジュラの仮面は呪いの儀式に使われる古代のアイテムで、ターミナの地の上空に不気味な月を浮かべる。リンクは、この事態を阻止する方法を3日以内に見つけなければならない。