リンクという名の少年は、エルフのような民族、コキリ族の村で育ちました。ある日、ナビィという妖精が、彼を村の守り神である大デクの樹へと紹介します。どうやら謎の男がデクの樹に呪いをかけているようで、リンクは原因究明のためハイラル城へと送られます。ゼルダ姫はリンクに、ゲルド族の族長ガノンドロフが、手にした者に絶大な力を与える聖遺物、トライフォースを狙っていると告げます。リンクはガノンドロフよりも先にトライフォースを手に入れ、ハイラルを救うために全力を尽くさなければなりません。