元武器商人のコブラは、ブルーホールに入るたびに生態系と地形が変化し、大きな利益を生むチャンスが生まれることに気づく。彼は、常に楽観的なデイブ（プレイアブル主人公）と、希少な海の生き物を専門とする寿司職人のバンチョーを説得し、ブルーホールの近くに寿司店を開店させる。考古学者ベーコンの依頼でブルーホール内部を調査していたデイブは、今も深海に暮らす古代の海の民の末裔たちが脅威にさらされていることを知る。これは隠された村だけでなく、地球そのものにとって壊滅的な事態となり得ると悟ったデイブは、解決策を求めて深海へと潜っていく。