『地球防衛軍6』は『地球防衛軍』シリーズの第6作目であり、『地球防衛軍5』の正統な続編です。本作は、前作の3年後を舞台に、異星人プライマー文明の侵攻を受け、滅亡の危機に瀕した地球を舞台としています。