エオルゼア。神々に抱かれ、英雄たちによって築かれた地。 この地と豊富なクリスタル資源を掌握しようと、ガレマール帝国は南の隣国を征服すべく、大軍を派遣する。狂気に駆られた侵略軍の指揮官は、ひそかに月を天から引き剥がし、この地に叩き落とそうと企む。民衆はまもなくこの邪悪な計画を知り、土壇場で神々の助けを乞うため手を合わせたが、その試みは失敗に終わる。月の中から、幾世代にも渡る幽閉によって怒りが渦巻く古代の恐怖、バハムートが出現する。運命の導きを感じ取った強大な魔術師は、最後の力を振り絞り、エオルゼアの英雄たちを時の裂け目へと送り込む。彼らはそこで、破壊の炎に晒されることなく、再び必要とされる時を待つ。英雄とは君たちだ。今こそ目覚めの時だ。さあ、共に…新生エオルゼアを目撃せよ。