ベビークッパはスーパーハッピーツリーを奪い、ヨッシーの世界に魔法をかけ、絵本の世界に変えてしまいました。魔法の影響を受けなかったのは、まだ殻に守られていた6匹のヒナヨッシーだけです。スーパーハッピーツリーを取り戻し、世界に幸せを取り戻せるのは、ヒナヨッシーたちだけです。ヒナヨッシーだけが、ベビークッパの魔法を解ける唯一の方法なのです！