1998年7月24日、中西部の町ラクーンシティ郊外で、一連の奇怪な殺人事件が発生する。ラクーンシティ警察の特殊戦術救助隊（STARS）が捜査にあたる。ブラボーチームとの連絡が途絶えたため、アルファチームが彼らの失踪事件の捜査に派遣される。アルファチームはブラボーチームの墜落したヘリコプターを発見し、現場に着陸するが、そこで一匹の巨大な犬の群れに襲われ、チームメンバーの1人が死亡する。アルファチームのヘリコプター操縦士、ブラッド・ヴィッカーズがパニックに陥り、単独でヘリコプターから脱出した後、残されたメンバー（クリス・レッドフィールド、ジル・バレンタイン、アルバート・ウェスカー、バリー・バートン）は廃墟となった屋敷に避難するが、そこで散り散りになる。 プレイヤーキャラクター（クリスまたはジル）は、ケネス・J・サリバンを含むブラボーチームのメンバー数名がゾンビに食べられているのを発見する。巨大な毒蛇に殺されるかサメに食べられるリチャード・エイケン。死体となって発見され、ゾンビとして蘇るフォレスト・スパイヤー。そしてブラボーチームのリーダー、エンリコ・マリーニ。アルファチームのメンバーの一人が裏切り者であることを明かした後、姿の見えない銃撃者に殺される。ブラボーチームの生存者、レベッカ・チェンバースがクリスに合流する。プレイヤーキャラクターは、バイオメディカル企業アンブレラ社の傘下にある秘密研究チームによって、一連の違法な実験が行われていたことを知る。屋敷とその周辺を徘徊するクリーチャーは、これらの実験の結果であり、屋敷の職員と動物たちは、T-ウイルスと呼ばれる、感染力と変異性が非常に高い生物兵器に曝露されたのだ。 プレイヤーキャラクターは、アンブレラ社の実験が行われている秘密の地下研究所を発見する。そこで彼らは、独房にいるジルかクリスを見つけ、人型生物兵器タイラントをプログラムしているウェスカーと遭遇する。ウェスカーは自分がアンブレラの二重スパイであることを明かし、タイラントを使ってSTARSのメンバーを殺害しようと計画している。続く対決でウェスカーは殺害されたと思われ、プレイヤーキャラクターはタイラントを倒す。研究所の自爆システムを起動させた後、プレイヤーキャラクターはヘリポートに到着し、ブラッドに連絡して救出を依頼する。エンディングはプレイヤーの行動によって変化する。最良のエンディングでは、生き残ったメンバーは再びタイラントを倒した後、ヘリコプターで脱出する。最悪のエンディングでは、屋敷は無傷のまま、プレイヤーキャラクターだけが生き残る。