『サクラ大戦III』は『サクラ大戦II』のその後を舞台とする。シリーズの主人公である大神一郎は、新たに結成された巴里突撃隊に加わり、「巴里師団」を訓練する。この部隊は、キャバレーの仮面を被りながら、街を脅かす超自然的な脅威と戦うことを使命とする女性だけの部隊である。大神の訓練と並行して、一連の黒魔術師が部隊を襲撃し、ついにはパリ全土への脅威へと発展していく。