カービィは目を覚ますと、自然と文明が融合した、奇妙で不思議な世界に漂着していた。忘れ去られたこの地を冒険する中で、カービィはワドルディたちを見つけて助け出す。ワドルディたちは、破壊されたばかりの故郷を再建しようとしていた。さらにワドルディを探すカービィは、亀裂が生じた原因を突き止め、衝突しつつある二つの惑星を救うために奮闘する！