プレイヤーキャラクターはパレットタウンからスタートします。ポケモンを持たずに町を出ようとしたプレイヤーキャラクターは、間一髪でオーキド博士に止められ、研究所へと招かれます。そこで博士は、プレイヤーキャラクターにポケモンとポケモン図鑑を渡し、世界中のすべてのポケモンの完全図鑑を作るという夢を語ります。ライバルと戦い研究所を出た後、プレイヤーキャラクターはすべてのジムバッジを獲得し、ポケモンリーグに出場し、すべてのポケモンを捕まえるというオーキド博士の夢を叶える権利を得ます。