人間の感情と命を奪う、死をもたらす機械感染症「メクテリア」が、ゆっくりと世界を蝕みつつある。 主人公レオは、機械が蔓延する奇妙な世界で、たった一つの記憶だけを頼りに目を覚ます。 メクテリアに脅かされる人間界…謎に満ちた機械界…そして、その両世界を超えた、目に見えない次元。 残されたワープ装置を使い、レオは失われた記憶を取り戻し、メクテリア感染から世界を救うため、次元を越えた旅に出る。