『ゼルダの伝説』の出来事から数年後、リンクは16歳になったばかりで、自分の手に奇妙なアザを見つける。ゼルダの乳母インパの助けを借りて、リンクはこのアザがゼルダ姫が眠る秘密の部屋を開ける鍵であることを知る。幼い頃、ゼルダ姫はハイラル王国を統治するために使われていた力のトライフォースの知識を授かったが、ある魔術師がゼルダからトライフォースのことを調べようとして失敗し、ゼルダ姫は永遠の眠りに落とされた。悲しみに暮れた王子は、ゼルダがいつか目を覚ますことを願って、彼女をこの部屋に置いた。そして、この悲劇を忘れないよう、王室の女性は皆ゼルダと名付けるように命じた。今、ゼルダ姫を取り戻すため、リンクは国中に隠されたトライフォースの破片をすべて見つけなければならない。