21世紀初頭。前例のない規模の事件が、アメリカ政府最高レベルに衝撃を走らせた。試作二足歩行装甲車「メタルギア」が、搭載されていた核兵器と共に武装集団に押収されたのだ。この危機的状況への抜本的な対応として、政府は7年前に要塞国家アウターヘブンを単独で崩壊させた破壊工作の達人、ソリッド・スネークを招集する。