墨野巧は、東京団地に住むごく普通のティーンエイジャー。毎日が前日とほとんど変わらず、悪いことなど何も起こらない街。しかし、奇妙な怪物たちが街を襲い、大混乱を引き起こし始めたことで、すべてが一変する。シレイと名乗る異形の怪物が現れ、巧に大切な人を守る力を与える。しかし、彼がすべきことは、自分の胸を刺すことだけだった！ 気がつくと、巧は最終防衛学園にいた。そこは辺鄙な場所にあり、異次元の炎の壁に囲まれていた。彼と14人の生徒たちは、今後100日間、学園の安全を守る任務を負った特殊防衛隊に召集された。彼らは、平凡な生活を取り戻し、奇怪な侵略者から世界を救うために、どれほどの犠牲を払う覚悟があるのか？ 100日間の戦いと絶望の幕が上がる…