『ロックマンII』でDr.ワイリーが倒されてから数ヶ月後、世界中からライト博士の研究所に異常気象、交通機関の不調、産業の異常など、様々な悲報が寄せられた。どうやら世界中の人々の生活を管理するスーパーコンピューターの機能が故障し、ロボット軍団が暴走を始め、街はパニックに陥っていたようだ。ライト博士は、Dr.ワイリーがスーパーコンピューターを妨害するために強力な妨害電波を発射し、ロボット軍団の背後にいると推測し、ロックマンにロボットたちを止めるよう依頼する。