ゲームのアドベンチャーモードは、原作漫画の第245話から第450話までをカバーしています。第245話は新たなストーリーアークの幕開けとなるだけでなく、テレビアニメ『NARUTO -ナルト- 疾風伝』として放送された、いわゆる「第二部」の神話アークの始まりでもあります。うずまきナルトに焦点を当てたメインストーリーは、プロローグを含む全8章で構成されています。全章をクリアすると、原作漫画の第404話から第417話までの複数の不連続な章に基づいた、タカがキラービーを捕獲できなかった経緯を描いた「断片」章がアンロックされます。