ポケモンスタジアム2にはストーリーラインがありますが、スタジアムでカップを獲得し、ジムリーダー城をクリアすることでゲームを進めることができます。すべてのカップを獲得し、ジムリーダー城をクリアすると、プレイヤーのライバルが登場します。ライバルを倒すとラウンド2がアンロックされ、ゲームクリアのためにスタジアム、ジムリーダー城、ライバルに再挑戦する必要があります。ただし、ライバルは異なるポケモンを所持しており、難易度も大幅に高くなります。 スタジアム： プレイヤーは最初に6種類のポケモンを選びます。選べるポケモンは250種類。中には伝説のポケモンもいます。スタジアムではポケモントーナメントが開催されます。参加できるカップは4つあります。各ラウンドは8つのバトルで構成され、リトルカップとプライムカップを除くすべてのカップは、モンスターボールにちなんで名付けられた4つのラウンドで構成されており、各ラウンドをクリアすることでカップを獲得できます。