オルドン村でヤギの世話や子供たちの世話をする若い農家の少年リンクは、村長から城下町への用事を頼まれる。しかし、その日、奇妙な出来事が起こった。大地が暗くなり、黄昏の国と呼ばれる異界から奇妙な生き物が現れ、ほとんどの人が幽霊になってしまうのだ。他の者たちとは異なり、リンクは狼に変身するが、捕らえられてしまう。謎の人物ミドナの助けを借りて脱出し、彼女の魔法の力を借りて、二人は大地を闇から解放するために旅立つ。リンクは広大なハイラルの大地を探検し、闇に沈んだ謎を解き明かさなければならない。