『時のオカリナ』から数百年後を舞台とする『風のタクト』では、主人公リンクは祖母と共に、大海原に浮かぶ小さな島々の一つ、アウトセット島で暮らしています。10歳の誕生日に、リンクは少女を乗せた巨大な鳥に遭遇します。リンクは少女を救出しますが、その際に妹までも鳥に連れ去られてしまいます。少女とはテトラという名の海賊船長で、リンクが妹を探し出し救出するのを手伝うことに。旅の途中、二人は伝説の強大な悪魔が再び活動していることに気づき、その悪魔を阻止する方法を見つけなければなりません。