キノコ王国を散歩していたマリオ、キノピオ、ピーチ姫、そしてルイージは、たくさんの緑色のパイプの一つに偶然出会います。それは特別なパイプでした。そこから妖精が現れ、後にそれがスプリンクシー姫だと分かります。しかし、クッパが追いかけてきて、彼女をさらってパイプの中へ消えてしまいます。マリオと仲間たちは思わずパイプに飛び込み、スプリンクシー王国へと迷い込み、姫を救出する任務を負います。