マグマ団とアクア団はどちらも悪役として登場し、ゲームの様々な場面で問題を引き起こします。それぞれのチームの目標であるグラードンとカイオーガの覚醒は、最終的に達成されます。 レックウザはストーリー上重要な存在であり、グラードンとカイオーガの破壊的な戦いを止めるために覚醒しました。レックウザは、四天王への挑戦前に捕まえることができる3匹の古代ポケモンのうちの1匹であり、ルビー・サファイアと同じ場所で、同じレベルのままです。