運命に導かれた4人の英雄、バッツとチョコボの相棒、キャッスルタイクーン王女レナ、謎めいたガラフ、そして海賊船長ファリスが織りなす壮大な冒険の旅に出発します。世界に平和と繁栄をもたらすクリスタル――土、水、火、風――は力を失い、滅亡の危機に瀕しています。これらのクリスタルは、邪悪な魔術師エクスデスを封印する役割を果たしていました。バッツと仲間たちは、エクスデスの勢力にクリスタルが利用されるのを防ぎ、彼の復活を阻止しなければなりません。