このゲームの舞台は、架空のモンタナ州ホープ郡。ジョセフ・シードという名の牧師が、この地域で名声を博しています。シードは、ホープ郡の人々を「避けられない崩壊」から守るために選ばれたと信じ、「エデンズ・ゲート」という教会を設立しました。表向きは人々を救済へと導くという使命を果たすためですが、実際にはシードは過激な説教者であり、エデンズ・ゲートは終末論を唱える軍国主義的なカルト集団です。シードの支配下で、エデンズ・ゲートは強制と暴力を用いてホープ郡の住民を強制的に改宗させ、連邦政府に助けを求めるのを阻止するために脅迫を行っていました。シード逮捕の試みが数人の保安官の命を奪うと、プレイヤーはエデンズ・ゲートと、抵抗運動を組織するホープ郡の残党との間の武力紛争に巻き込まれます。プレイヤーは、シード逮捕のためホープ郡に派遣された保安官代理の役割を担います。シードは「父」の称号を名乗り、「ヘラルド」と呼ばれる兄弟姉妹の協力を得て、ホープ郡を支配しています。兄弟姉妹とは、武装兵士を統率する元軍人ジェイコブ、エデンズ・ゲートのためにホープ郡の土地の大部分を取得した弁護士ジョン、そして人々に兄への信仰と信頼を抱かせるために平和主義者として活動するフェイスです。シードに反対するホープ郡の住民には、エデンズ・ゲートに信徒を奪われた地元教会の指導者ジェローム牧師、カルトに父親を殺されたバーテンダーのメアリー・メイ、そして子供たちのより良い未来を築くためにカルトの影響を排除したいと願う農薬散布機パイロットのニック・ライなどがいます。