狂気の科学者アンドロスがヴェノムの皇帝として台頭し、コーネリアをはじめとするライラット星系全体に宣戦布告する。ペッパー将軍はスターフォックスチームを派遣し、ライラット星系の主要惑星を守り、アンドロス博士を阻止する。